另一方面,小五郎帶著柯南,小蘭和園子來到了京都.八年前,位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊國寶級佛像遭到偷竊,寺院的住持委托他們解讀一幅可以判斷佛像藏匿地點的謎樣的畫像,因而請來了小五郎幫忙.柯南懷疑佛像是遭到竊盜集團「源氏螢」所竊,事件開始向破解的方向進展.然而在他到達義經,弁慶的傳說流傳的曆史遺跡——最著名的京都五條大橋調查時,有個手持竹刀的男人突然來襲!
瞬間躲過襲擊的柯南,看到那名男子後感到十分驚奇.那個男子竟是與工藤新一並稱的西部高中生偵探——服部平次,同時也是少數知道柯南就是工藤新一的人物之一.他也是為了追尋在大阪發生的竊盜集團成員被殺事件的真相而到達京都,總是在較勁的柯南與平次,這次為了查出事件的真相,決定連手進行調查,但是,兩人萬萬沒想到,戴著面具的黑影男人居然就出現在他們面前!
在稠密的京都十字路口,隱藏于曆史陰影的謎題及陷阱將襲擊柯南一行人!難解的事件,細膩的推理,友情,愛情以及主要角色全員到齊!而柯南的身體終于……
