鳴人從昏迷中醒來,發覺自己身在一個陌生的地方:這是一個繁華熱鬧的市鎮,市鎮中心有一座高聳入云的巨塔.鳴人雖然不清楚究竟發生了什麼,但他還是繼續尋找蜈蚣.鳴人在市鎮里遇到了女王莎拉.
原來鳴人穿越時空,回到了過去,而此處正是極盛時代的樓蘭.年輕的女王莎拉廣受民眾愛戴,人們安居樂業,過著太平日子.然而傳言詭秘的大臣安洛克贊正在制造可怕的武器.
六年前,有一個之來自未來的忍者像鳴人一樣突然出現在樓蘭.而安洛萊克贊其實是蜈蚣偽裝的,他意欲在這個時代二度奪取龍脈的能量.
三代火影猿飛日斬得知蜈蚣的陰謀後,向皆人,志尾,丁座,卡卡西四人組發出了命減令.
木葉村的忍者們躍入千之塔,與蜈性蚣操控的傀儡軍團展開了激戰…
